Az először Április 4. majd Tanoda néven működő általános iskolát a kilencvenes években bezárták. 1999-ben dönteni kellett az épület további hasznosításáról. A rákospalotai és újpesti plébániák közössége szerette volna, ha a kerületben lehetőség nyílik arra, hogy a családok katolikus szellemiségű iskolába járathassák gyermekeiket, ezért Dr. Gerber Alajos, Lojzi bácsi és Pályi László plébános atya felkereste ezzel az igénnyel Paskai László bíboros, esztergomi érsek urat és Dr. Dercze Tamást, Újpest polgármesterét.

Nehéz tárgyalásokkal teli hónapok következtek, de László atya, Lojzi bácsi és Kiss-Rigó László atya, az EKIF akkori igazgatója kitartó lendületének köszönhetően elérkezett az a nevezetes júliusi nap, amikor a bíboros úr és Újpest polgármestere aláírta az iskolánk megalapítását lehetővé tevő szerződést.

Az iskola névadójául Szent Jánost, a szeretett tanítványt választottuk, ezzel is mutatván intézményünk legfőbb célkitűzését: szeretetben nevelni.

Az első tanévet 37 tanuló és 5 pedagógus kezdte meg négy évfolyamon. Az iskola igazgatója Dr. Frányó Tamásné, Zsuzsa néni, hitoktatója pedig Lojzi bácsi lett.

2000-ben – Zsuzsa néni tragikusan hirtelen halála miatt – Käfer György vette át az intézmény vezetését, aki jelenleg is betölti ezt a tisztséget.

 A kezdeti időszak első számú feladata az volt, hogy növeljük a tanulók létszámát, illetve kialakítsuk a felső tagozatos tanári kart.

2010-ben 170 diák és 21 pedagógus kezdte meg a tanévet. Munkájukat 8 technikai dolgozó segíti.

Az iskola épülete nemrég volt száz éves, így folyamatosan újítjuk fel. Tornatermünket, sportudvarunkat, a konyhát, a folyosókat, a világítást sikerült a fenntartó segítségével modernizálnunk. Az osztálytermek kifestéséhez több szülőközösség járult hozzá kétkezi munkájával.

Az iskola előtt álló faragott fakeresztet erdélyi testvériskolánktól kaptuk.

Az épületben a legnagyobb átalakítás a kápolna megépítése volt, így osztálymiséken, liturgikus eseményeken, de akár a szünetekben is bárki letérdepelhet az Oltáriszentség elé.

A 2019/2020-as tanévben iskolánk teljesenkörű felújításon esett át, hogy szebb, modernebb környezetben tudjuk fogadni fogadni tanulóinkat.

Bízunk benne, hogy közös összefogással folyamatosan szépíthetjük környezetünket, s olyanná formálhatjuk, amilyenné valójában szeretnénk.